Во втором этапе выступали по четыре сильнейшие команды от конференций «Запад» и «Восток» по итогам первого этапа. Были сыграны групповые турниры в каждой из конференций. По три лучшие команды вышли в 1/8 финала.
Конференция «Восток»
1 место МФК "Корпорация АСИ" (Кемерово)
2 место МФК "Факел" (Сургут)
3 место МФК "Газпром-добыча Надым" (Надым)
4 место МФК "Витязь-ГТУ" (Уфа)
Конференция «Запад»
1 место: " АЛГА" (Уфа)
2 место: "Оргхим" (Нижний Новгород)
3 место: "Спартак" (Москва)
4 место: МосПолитех (Москва)
«Корпорация АСИ» (Кемерово) – «Норильский никель» (Норильск)
«Факел» (Сургут) – «Тюмень»
«ГД Надым» - «Сибиряк» (Новосибирск)
«Спартак» (Москва) – «Газпром-Югра» (Югорск)
«Новая генерация» (Сыктывкар) – «Ухта»
«АЛГА» (Уфа) - КПРФ (Москва)
«Оргхим» (Нижний Новгород) – «Синара» (Екатеринбург)
БЛиК (Нефтеюганск) – «Динамо» (Самара)
Матчи 1/8 финала Кубка России «Оргхим» -«Синара» пройдут 20-21 октября в Нижнем Новгороде.
Ключевые даты 1/8 финала (для клубов Высшей лиги)* - 20-21 октября
1/8 финала (для клубов Суперлиги)** - 20 октября (первый матч), 24 ноября (ответный матч)
1/4 финала - 22 декабря (первый матч), 28 декабря (ответный матч)
1/2 финала - 19 января (первый матч), 16 февраля (ответный матч)
Финал - 13 марта (первый матч), 17 марта (ответный матч)
* Если в паре 1/8 финала одна из команд будет представлять Высшую лигу, то обе игры пройдут на домашней площадке клуба Высшей лиги.
** В случае, если в 1/8 финала встречаются два клуба из Суперлиги, они проведут два матча по системе "дома - на выезде".